Подключаем arduino-источник к COM порту и заливаем туда скетч через Arduino IDE: Файл -> Образцы (или Примеры) -> ArduinoISP

Далее подключаем к Arduino-источнику через шину SPI Arduino-приемник на, котором надо прошить bootloader, распиновка соединения:

Arduino-источник -> Arduino-приемник
10                       -> Reset
11                       -> 11
12                       -> 12
13                       -> 13
VCC                    -> VCC
GND                    -> GND

Если в процессе заливки загрузчика будут ошибки - мне помогло нажать кнопку Reset на arduino приемнике, после этого загрузчик залился.